Las muestras del suelo se toman poco antes de la siembra o la evaluación del cultivo para asegurar que sean representativas. Parámetros como el contenido de nitrato o el número de rhizobios pueden fluctuar durante el año.

Normalmente, las muestras son tomadas de la capa arable de 0 a 20 cm de profundidad. El diámetro de las muestras es igual de arriba hasta abajo. Hay que evitar el uso de una barrera tipo Edelman. Esta toma muestras de forma ovalada y además puede perder la parte superior de la muestra, especialmente en suelos friables, arenosos o secos. El resultado es que el suelo parece ser pobre en materia orgánica y parámetros relacionados. Para evitar lo contrario (una sobreestimación de la materia orgánica) se separa la hojarasca y las raíces gruesas del material del suelo.

En cada unidad (parcela) se toma un mínimo de 20 submuestras, todas del mismo tamaño. Las submuestras se colocan en un balde limpio. Al terminar se mezcla bien el material y se toma una cantidad representativa de aproximadamente 1 kg. Esta muestra se coloca en una bolsa plástica. En el mismo momento se adjunta una identificación preliminar, que no se puede perder o borrar. La bolsa se guarda en un lugar fresco y oscuro. La tierra sobrante se devuelve al voleo sobre el terreno.

La distribución de las submuestras sobre la parcela puede ser al azar o sistemática. En ambos casos se evitan lugares extremos con excretas de animales, caminos y orillas. Estos de todo modo no deberían ser parte de ensayos. En muestreos sistemáticos se toma en cuenta la variación dentro de la parcela causada por surcos de arado o hileras de plantas, orientación de pendientes, distribución de agua de riego u otros factores.

Las muestras se entregan lo más pronto al laboratorio para ser registradas y procesadas. En cada bolsa se coloca una etiqueta plástica indicando con marcador permanente: